近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所科研人員檢測我國不同尾型的地方綿羊品種，發(fā)現(xiàn)不同群體特有和共有的ROH基因組區(qū)段，為保護和開發(fā)利用我國地方綿羊品種、深度挖掘功能基因提供了參考。相關(guān)成果發(fā)表在《畜牧與生物技術(shù)雜志（Journal of Animal Science and Biotechnology）》上。
據(jù)王立賢研究員介紹，良好的近交控制是畜禽遺傳改良和畜牧業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要保障。傳統(tǒng)利用系譜信息評估近交（FPED）的方法在實際應(yīng)用中存在系譜信息難收集、錯誤率高、歷史近交被忽略等問題。全基因組測序和基因芯片的發(fā)展和普及為利用分子信息評估近交開辟了新路徑。研究人員利用高密度SNP芯片數(shù)據(jù)（600k）對大尾寒羊、阿拉泰羊、呼倫貝爾羊、草原短尾羊和西藏羊等不同尾型的五個綿羊品種進行了連鎖不平衡檢測、有效群體大小估計、觀測雜合度和期待雜合度近交系數(shù)計算（FHOM），基于ROH進行了全基因組近交系數(shù)計算（FROH）。結(jié)果顯示，遺傳多樣性評估結(jié)果與FROH評估結(jié)果幾乎一致。特別是基于ROH檢測到大尾寒羊群體最高的平均近交水平達到0.0808，并且具有最高比例的ROH片段，表明該群體近世代有效群體小、近交程度高，與大尾寒羊的群體現(xiàn)狀相吻合。此外，研究人員還基于不同群體內(nèi)高頻ROH區(qū)域，篩選出了與群體特征一致的重要經(jīng)濟性狀基因，例如與綿羊尾部脂肪沉積相關(guān)的 PDGFD 、 HOXA10 基因，與生長發(fā)育相關(guān)的 TNNI1 、 CSRP1 和 EEF1A2 基因。
該研究得到國家自然科學(xué)基金和中國農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程等項目的支持。
原文鏈接：https://jasbsci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40104-021-00608-9
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