近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所小麥基因資源發(fā)掘與利用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)牽頭構(gòu)建了小麥基因定位與基因組研究平臺(tái)——WheatGmap（https://www.wheatgmap.org），為高效克隆小麥功能基因提供了一個(gè)有效的數(shù)據(jù)利用、分析和共享平臺(tái)。相關(guān)研究成果在線發(fā)表于《分子植物（Molecular Plant）》。
據(jù)孔秀英研究員介紹，集群分離分析作為一種在分離群體中鑒定目標(biāo)基因的方法，由于具有高效、低成本的優(yōu)點(diǎn)被廣泛應(yīng)用。然而，對(duì)于缺乏生物信息學(xué)背景的研究者來說，深度分析高通量測(cè)序獲得的數(shù)據(jù)、正確選擇最優(yōu)算法、有效利用已公布的海量數(shù)據(jù)成為當(dāng)前應(yīng)用集群分離分析方法進(jìn)行小麥基因快速定位和候選基因篩選的限速步驟。因此，研發(fā)一個(gè)界面友好、易操作的專業(yè)性數(shù)據(jù)處理平臺(tái)將對(duì)推動(dòng)小麥研究有重要應(yīng)用意義。
該平臺(tái)目前整合并分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，包括全基因組測(cè)序（WGS）、外顯子組測(cè)序（WES）和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）數(shù)據(jù)。為了方便用戶利用這些資源，網(wǎng)站整合了SNP-index、Euclidean distance （ED）、QTLseqr和varBScore四種集群分離分析模型。此外，網(wǎng)站集成了序列比對(duì)、基因注釋、表達(dá)分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。研究人員以黃綠突變體 ygl1 基因的快速定位和克隆為例介紹了群體構(gòu)建、數(shù)據(jù)在線分析、候選基因篩選等流程。WheatGmap為小麥研究者提供了一個(gè)界面友好、易操作的小麥基因定位與基因組研究平臺(tái)，整合了多種基于集群分離分析定位的模型和大量的數(shù)據(jù)，可以幫助科研工作者利用集群分離分析方法進(jìn)行小麥基因定位、克隆與功能研究，也可以共享測(cè)序數(shù)據(jù)及表型數(shù)據(jù)。同時(shí)，隨著泛基因組時(shí)代的來臨，后續(xù)還會(huì)對(duì)平臺(tái)進(jìn)行數(shù)據(jù)更新與升級(jí)，使其功能變得更強(qiáng)大。
該研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中國(guó)農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程和國(guó)家自然科學(xué)基金等支持。
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