近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所作物線蟲與細(xì)菌病害監(jiān)測與防控創(chuàng)新團(tuán)隊成功破譯了小麥菲利普孢囊線蟲（ Heterodera flipjevi ）高質(zhì)量基因組，該研究對于解析菲利普孢囊線蟲的致病和寄主適應(yīng)性機(jī)制具有重要指導(dǎo)意義，相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在Nature旗下著名學(xué)術(shù)期刊《Scientific Data》。
小麥孢囊線蟲是一類嚴(yán)重威脅小麥等禾谷類作物的重要病原線蟲，其中危害最為嚴(yán)重的種類為禾谷孢囊線蟲（ H. avenae ）和菲利普孢囊線蟲。2009年，菲利普孢囊線蟲首次在我國河南被發(fā)現(xiàn)，近年來，隨著農(nóng)業(yè)生產(chǎn)集約化和機(jī)械化的發(fā)展，目前已經(jīng)快速擴(kuò)擴(kuò)散至河北、山東、山西、安徽、江蘇和新疆等地，在河南部分地區(qū)造成大面積冬前死苗，對小麥生產(chǎn)造成嚴(yán)重威脅。
本研究綜合運(yùn)用HiSeq、PacBio、10?×？Genomics測序數(shù)據(jù)和Hi-C輔助組裝技術(shù)，組裝出菲利普孢囊線蟲染色體基因組134.19Mb，Scaffold N50達(dá)到11.88Mb，組裝掛載9條染色體上。注釋獲得蛋白編碼基因10,036個，占總預(yù)測蛋白數(shù)的75.20%。通過比較基因組學(xué)分析，篩選獲得65個菲利普孢囊線蟲特有的效應(yīng)蛋白基因，其中3個與其只能寄生單子葉作物密切相關(guān)。該研究為菲利普孢囊線蟲的首個染色體水平的基因組，也是小麥孢囊線蟲的首個高質(zhì)量基因組。該研究為菲利普孢囊線蟲的生物學(xué)研究和防控新靶標(biāo)篩選提供了有價值的基因組資源。
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所博士后姚珂、河南農(nóng)業(yè)大學(xué)副教授崔江寬為論文共同第一作者，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所彭煥研究員、諾禾致源王強(qiáng)輝博士為論文共同通訊作者。該研究得到國家重點(diǎn)研發(fā)計劃（2021YFD1400100）、國家自然科學(xué)基金（32302328、31972247）、第一批新疆維吾爾自治區(qū)重點(diǎn)人才計劃和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新項目的資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03487-7
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