晚霜凍是葡萄生產(chǎn)中普遍存在的氣象災(zāi)害,危害葉片、花穗及嫩梢,導(dǎo)致減產(chǎn)甚至絕產(chǎn),給葡萄生產(chǎn)帶來巨大損失。研究葡萄對低溫脅迫的響應(yīng),將為防凍措施的制定提供理論依據(jù)。組蛋白H3第27位的賴氨酸三甲基化(H3K27me3)修飾是常見的染色質(zhì)修飾方式,在植物生長發(fā)育及脅迫應(yīng)答中發(fā)揮著重要作用。目前葡萄中H3K27me3的修飾模式及其對低溫的應(yīng)答還不清楚。
中國科學(xué)院武漢植物園聯(lián)合中國科學(xué)院植物研究所、湖北省農(nóng)科院、武漢市農(nóng)科院多位科研人員,選取常溫(26℃)和低溫(4℃)處理2 h和24 h的山葡萄(Vitis amurensis)葉片開展了ChIP-seq實(shí)驗(yàn),研究了全基因組水平H3K27me3的修飾模式、低溫下的變化以及對基因表達(dá)的影響。結(jié)果表明,約60%的H3K27me3修飾峰的長度區(qū)間為100~500 bp,均勻分布于基因區(qū)和基因間區(qū);共在8368個(gè)基因區(qū)間內(nèi)發(fā)現(xiàn)了H3K27me3修飾,占整個(gè)基因組注釋基因總數(shù)的26.3%;低溫處理早期(2 h)山葡萄葉片中H3K27me3水平變化較大,增強(qiáng)的修飾峰有2793個(gè),減弱的有305個(gè),分別對應(yīng)2066和266個(gè)基因;低溫處理24 h后絕大多數(shù)(97.3%)變化的修飾峰恢復(fù)到處理前水平;H3K27me3發(fā)生變化的基因涉及分解代謝、細(xì)胞成分組織、表觀遺傳和DNA代謝等生物學(xué)過程,而H3K27me3修飾峰減弱的基因涉及脅迫應(yīng)答、脂質(zhì)代謝與次生代謝產(chǎn)物合成等;基因表達(dá)與H3K27me3修飾水平關(guān)聯(lián)分析證實(shí)了在基因組水平上,H3K27me3修飾對基因的表達(dá)起抑制作用,其中啟動(dòng)子、外顯子或編碼區(qū)下游區(qū)域的抑制作用明顯;但低溫下H3K27me3修飾變化的基因的表達(dá)并不完全受到此修飾的影響。
這些結(jié)果揭示了山葡萄中H3K27me3修飾在整個(gè)基因組層面的分布情況,解析了低溫下H3K27me3的變化及其對基因表達(dá)的影響,為探索山葡萄低溫應(yīng)答過程提供了線索。研究成果3月8日在線發(fā)表于Horticultural Plant Journal。武漢植物園已畢業(yè)博士朱振飛為該論文第一作者,武漢植物園王青鋒研究員和辛海平研究員為通訊作者。本研究得到了國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的資助。