近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所作物黃萎病研究團(tuán)隊(duì)與美國(guó)加州大學(xué)戴維斯分校聯(lián)合牽頭的“全球黃萎病菌基因組研究”計(jì)劃取得重要進(jìn)展，搭建國(guó)際上第一個(gè)作物黃萎病菌資源和基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（Verticilli-Omics）正式上線。用戶可在該網(wǎng)站查閱收錄的菌種資源信息、測(cè)序菌株基因組可視化展示、數(shù)據(jù)挖掘和分析等工作。
大麗輪枝菌是一種毀滅性的土傳維管束病原真菌，曾與馬鈴薯晚疫病病原并列為世界頭號(hào)檢疫對(duì)象，寄主廣泛，年均損失近百億美元。大麗輪枝菌種群結(jié)構(gòu)極其復(fù)雜，然而以往研究受限于病原遺傳資源來(lái)源數(shù)量少、樣本代表面狹窄問(wèn)題，導(dǎo)致種群結(jié)構(gòu)劃分混亂、種群演化路徑不清，研究結(jié)論容易碎片化，制約了人們對(duì)該病原種群結(jié)構(gòu)及其演化機(jī)制的系統(tǒng)全面理解，以及農(nóng)業(yè)生產(chǎn)實(shí)踐中對(duì)其進(jìn)行分子流行監(jiān)測(cè)與防控。我院作物黃萎病研究團(tuán)隊(duì)圍繞大麗輪枝菌菌種資源遺傳多樣性不足問(wèn)題，與美國(guó)加州大學(xué)戴維斯分校聯(lián)合組織國(guó)內(nèi)外16家單位開(kāi)展協(xié)同攻關(guān)，構(gòu)建了迄今為止來(lái)源國(guó)家和寄主最為系統(tǒng)、基因型最為全面的菌種資源庫(kù)，發(fā)起了“全球黃萎病菌基因組研究”計(jì)劃，完成了159株大麗輪枝菌全基因組及3624株基因組重測(cè)序工作，搭建了Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)始線上運(yùn)行。
Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫(kù)1.0版本優(yōu)先釋放了菌種資源和全基因組數(shù)據(jù)。菌種資源數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了來(lái)源10個(gè)國(guó)家26個(gè)寄主共8102份黃萎病菌菌種資源，為迄今為止遺傳多樣性最豐富的菌種資源數(shù)據(jù)庫(kù)；全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)釋放了159個(gè)大麗輪枝菌全基因組數(shù)據(jù)，占目前已釋放大麗輪枝菌基因組總數(shù)的85%；搭建了基因組可視化、基因組注釋信息、基因功能檢索、基因組家族聚類、基因比對(duì)、基因多樣性鑒定、致病相關(guān)基因富集等檢索和分析通道。團(tuán)隊(duì)目前正在開(kāi)展Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫(kù)2.0版本構(gòu)建工作，將整合重測(cè)序的大麗輪枝菌基因組搭建遺傳變異組數(shù)據(jù)庫(kù)。
Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫(kù)在線將為作物黃萎病研究領(lǐng)域提供重要的數(shù)據(jù)資源和共享服務(wù)，同時(shí)也為合作團(tuán)隊(duì)后續(xù)構(gòu)建全球大麗輪枝菌種群結(jié)構(gòu)參考“基線”并闡明其演化機(jī)制、建立完善的種群分子流行監(jiān)測(cè)技術(shù)體系提供重要支撐。
該研究工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃政府間國(guó)際科技創(chuàng)新合作重點(diǎn)專項(xiàng)（2018YFE0112500）、中國(guó)農(nóng)科院國(guó)家科技創(chuàng)新工程等資助。
Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：https://db.cngb.org/Verticilli-Omics
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