近日，Plant Biotechnology Journal雜志在線發(fā)表了題為“BnTIR: an online transcriptome platform for exploring RNA‐seq libraries for oil crop Brassica napus”的文章，提供了涵蓋油菜苗期、開花期、成熟期三個(gè)階段，共91個(gè)組織樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，并以此為基礎(chǔ)搭建了油菜轉(zhuǎn)錄信息資源數(shù)據(jù)庫(kù)BnTIR（http://yanglab.hzau.edu.cn/BnTIR）。該研究工作由華中農(nóng)業(yè)大學(xué)油菜團(tuán)隊(duì)和生物信息團(tuán)隊(duì)共同完成。

　　據(jù)了解，油菜作為我國(guó)最重要的油料作物之一，種植面積常年穩(wěn)居世界第一，產(chǎn)業(yè)集觀賞、蜜源、生態(tài)、經(jīng)濟(jì)作物等多種功能于一身。菜籽油是我國(guó)傳統(tǒng)的食用油，占國(guó)產(chǎn)植物油總量的40%以上，被認(rèn)為是最有利于身體健康的食用油之一。油菜基因組測(cè)序的完成，極大地推動(dòng)了油菜基礎(chǔ)研究的進(jìn)展，基因組測(cè)序技術(shù)廣泛應(yīng)用和測(cè)序數(shù)據(jù)的積累，為研究人員挖掘重要的功能基因提供了便利。在過去的十年時(shí)間里，研究者鑒定了數(shù)以百計(jì)的控制油菜重要農(nóng)藝性狀的遺傳位點(diǎn)。但我們對(duì)于這些位點(diǎn)的主效基因及其分子機(jī)制的了解非常有限。系統(tǒng)全面的基因表達(dá)信息有助于研究者們快速挖掘候選基因、分析目標(biāo)基因的表達(dá)特征，為基因的功能研究提供相應(yīng)的基礎(chǔ)和支撐。因此，一套系統(tǒng)的，覆蓋油菜全生育期、全組織的高分辨率轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)將會(huì)極大地促進(jìn)油菜遺傳育種和基因功能研究。

 

　　在該研究中，研究者基于高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄組，建立了BnTIR數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)集合了基因表達(dá)信息查詢、eFP可視化、基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)、基因組瀏覽器等功能模塊，并提供了基因ID轉(zhuǎn)換、序列比對(duì)、序列提取、轉(zhuǎn)錄因子家族以及熱圖繪制等工具，為研究者提供了一個(gè)方便快捷、功能全面的信息獲取平臺(tái)。另外，數(shù)據(jù)中還包括了油菜發(fā)育中種子26個(gè)時(shí)間點(diǎn)的基因表達(dá)譜，這對(duì)于油菜種子發(fā)育過程相關(guān)研究具有重要意義。

 

　　華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院博士研究生劉東旭、碩士研究生魏璐露和植物科學(xué)技術(shù)學(xué)院博士研究生余良倩為該文章共同第一作者。華中農(nóng)業(yè)大學(xué)郭亮教授、楊慶勇副教授、戴成副教授和魯少平副研究員為該文章共同通訊作者。周永明教授和王學(xué)敏教授參與了項(xiàng)目指導(dǎo)。本研究得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（2017YE0104800,  2016YFD0101000）、111計(jì)劃（B20051）等項(xiàng)目的支持。