4月9日，西北農(nóng)林科技大學(xué)動(dòng)科學(xué)院姜雨教授團(tuán)隊(duì)在《Journal of Genetics and Genomics》發(fā)表題為“GGVD: a goat genome variation database for tracking the dynamic evolutionary process of selective signatures and ancient introgressions”論文，發(fā)布了國(guó)際上首個(gè)同時(shí)整合古代、現(xiàn)代和野生近源物種的基因組資源構(gòu)建的山羊遺傳變異數(shù)據(jù)庫(kù)。博士后付瑋瑋為第一作者，姜雨教授為通訊作者。

 

　　山羊遺傳變異數(shù)據(jù)庫(kù) （GGVD） 內(nèi)容和構(gòu)建流程 （上） 以及COL4A4基因滲入示例 （下）

 

　　目前，已有大量古代和現(xiàn)代家山羊及其野生近源種的基因組信息，為解析山羊的適應(yīng)性滲入，挖掘群體和品種受選擇的功能基因，追溯關(guān)鍵基因的演化歷史提供了契機(jī)。該研究通過(guò)收集這些資源，經(jīng)過(guò)分析和處理，為用戶提供了7個(gè)功能模塊，分別為：1.“基因組選擇信號(hào)”檢索；2.“滲入?yún)^(qū)間”瀏覽；3.“變異”檢索；4. 基因組瀏覽器；5. 比對(duì)工具（BLAT/BLAST）；6. 基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換工具（liftOver）；7. 基因組選擇信號(hào)掃描工具（pcadapt）。用戶可以輸入基因名、基因組區(qū)間或位點(diǎn)，以曼哈頓圖或折線圖查看受選區(qū)，以地圖映射的方式可視化變異在不同分組中的頻率，或通過(guò)基因型熱圖追溯變異位點(diǎn)的時(shí)空分布狀態(tài)，鑒定可能的滲入來(lái)源。使用該數(shù)據(jù)庫(kù)可以大幅度提高解析山羊演化歷史、篩選功能基因和功能位點(diǎn)的效率，從而為分子育種奠定基礎(chǔ)。

 

　　該研究還列舉了一系列基因來(lái)闡述數(shù)據(jù)庫(kù)的功能。例如，除先前報(bào)道的來(lái)自“西高加索tur”的野羊滲入基因MUC6外，還發(fā)現(xiàn)與阿米巴病相關(guān)的COL4A4基因與山羊馴化有關(guān)。通過(guò)數(shù)據(jù)檢索和可視化，發(fā)現(xiàn)COL4A4基因的滲入來(lái)源為伊比利亞野山羊支系，至少在8100年前的歐洲羊中就已存在。該結(jié)果為基因滲入在山羊馴化過(guò)程中發(fā)揮的作用提供了另一個(gè)范例。

 

　　原文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852721000801?via%3Dihub