近日，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院湖庫(kù)增殖漁業(yè)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在圓口銅魚(yú)種質(zhì)資源鑒定和挖掘方面取得新進(jìn)展，發(fā)布了首個(gè)高質(zhì)量的染色體水平參考基因組。相關(guān)研究成果于2024年5月首次在國(guó)際權(quán)威公共數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI上公布，并于近日以《Chromosome-level genome assembly and annotation of largemouth bronze gudgeon （Coreius guichenoti）》為題在國(guó)際期刊Scientific Data（Q1，2023IF=5.8）在線(xiàn)發(fā)表。李學(xué)梅研究員為論文第一作者，朱挺兵副研究員為通訊作者。
圓口銅魚(yú)（Coreius guichenoti）是長(zhǎng)江上游特有的產(chǎn)漂流性卵魚(yú)類(lèi)。其是以動(dòng)物性食物為主的雜食性魚(yú)類(lèi)，并具有強(qiáng)應(yīng)激性、人工馴養(yǎng)易患小瓜蟲(chóng)病等特點(diǎn)，俗稱(chēng)“出水爛”。由于其味道鮮美、生長(zhǎng)較快，歷史上曾是產(chǎn)區(qū)的主要經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)之一。近幾十年來(lái)，受過(guò)度捕撈、水電開(kāi)發(fā)、棲息地破壞等因素影響，該物種的種群資源急劇下降，瀕臨滅絕，已被列為國(guó)家二級(jí)重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物。因此，保護(hù)其種質(zhì)資源并防止種群衰退至關(guān)重要。目前，圓口銅魚(yú)在繁殖與發(fā)育、食性、生理生化、人工繁育及應(yīng)激緩解等方面已得到廣泛研究。然而，關(guān)于其全基因組的研究卻是空白的，制約了對(duì)其遺傳資源的保護(hù)與充分利用。
團(tuán)隊(duì)利用PacBio 和 Hi-C 技術(shù)，對(duì)圓口銅魚(yú)基因組進(jìn)行了組裝，首次獲得了高質(zhì)量的染色體水平圓口銅魚(yú)參考基因組。該基因組的大小為1100.1 Mb，Contig N50為25.0 Mb，其中97.9%的序列被掛載到25條染色體上。該基因組共注釋到731.0Mb的重復(fù)序列，以及22506個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因。質(zhì)量評(píng)估顯示，該基因組的BUSCO評(píng)估值為96.2%。物種進(jìn)化分析表明，圓口銅魚(yú)與銅魚(yú)親緣關(guān)系較近，它們?cè)诩s 2070 萬(wàn)年前從共同祖先分化而來(lái)。這些發(fā)現(xiàn)為圓口銅魚(yú)適應(yīng)性進(jìn)化、優(yōu)異種質(zhì)基因資源挖掘、強(qiáng)應(yīng)激和小瓜蟲(chóng)病易感機(jī)制等研究提供了重要數(shù)據(jù)。
該研究獲得中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)（2023TD61）、國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系（CARS-46）和江西省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（20223BBF61010）項(xiàng)目的資助。研究論文全文下載地址為：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04416-y。
